สิ่งมหัศจรรย์ที่ร่ำลือเกี่ยวกับสมเด็จพระพุฒาจารย์โตเกิดขึ้นเมื่อครั้งที่ท่านฝ่าทะเลบ้าไปงานสมโภชพระราชวังบนเขามไหศวรรย์ เมืองเพชรบุรี สมเด็จโตท่านไปด้วยเรือญวณ 4 แจวออกทางปากแม่น้ำบ้านแหลม ขณะที่ท้องทะเลเป็นบ้าเพราะคลื่นลมแรงมาก ชาวบ้านในอ่าวบ้านแหลมช่วยกันร้องห้ามว่า “ท่านเจ้าประคุณสมเด็จอย่าออกไปจะล่มตาย” ท่านตอบว่า “ไปจ้ะ ไปจ้ะ” แล้วท่านก็ออกมายืนหน้าเก๋งเรือเอาพัชนี้ (พัด) ใบตาลโบกแหวกลมหน้าเรือทั้งที่ในเวลานั้นลูกคลื่นโตกว่าเรือมากถึงขนาดบังเรือมิด แต่ทางหน้าเรือคลื่นกับไม่มี หลายคนที่ไปด้วยและได้เห็นสิ่งมหัศจรรย์เล่าว่าทั้งที่มีคลื่นลูกโตสองฟากเรือ แต่สมเด็จโตยืนนิ่งโบกพัดเอง คนเรือก็แจวเฉยเป็นปกติ ชาวเมืองเพชรจึงเกรงบารมีสมเด็จโตมากถึงกับยกมือท่วมหัวสรรเสริญ
กล่าวกันว่าการสวดมนต์หรือคาถามีจุดหมายก็เพื่อให้จิตเกิดบุญ มีความสุขอันเกิดจากความสงบและเราจะอาศัยอำนาจของจิตที่เป็นบุญดลบันดาลให้เกิดอานุภาพคุ้มครองป้องกันให้แคล้วคลาด ปราศจากดภัยอันตราย คุณานุภาพแห่งบทสวดหรือยอดคาถาจึงมีด้วยเหตุนี้ นอกจากนี้ยังมีเรื่องราวปาฏิหาริย์ของหลวงตามหาบัว หลวงพ่อหกนิ้ว พระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์ของชาวเพชรบุรี หลวงพ่อกลั่น ธมฺมโชติ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ฯลฯ สายทิพย์ ภาณุทัต อดีตเจ้าหน้าที่ของกรมศิลปากร รวบรวมมาให้ท่านได้สัมผัสเองแล้วใน “สมเด็จพุฒาจารย์ (โต) พรหมรังสี และเรื่องลี้ลับแห่งอริยสงฆ์”
